Dès 2018, un article de Health Management Magazine évoquait la nécessité de renforcer le rôle des laboratoires cliniques dans le domaine de la prestation des soins, de la santé des patients et de la gestion des priorités en matière de santé publique. Les auteurs soulignaient qu'à l'époque, les recherches contemporaines pointaient le rôle secondaire des laboratoires, les services de pathologie étant généralement considérés comme peu rentables.
L'argument des auteurs était qu'avec la dépendance toujours plus grande aux données pour améliorer la prestation de services, la santé des patients et la gestion de la santé publique, les laboratoires devraient jouer un rôle majeur dans la mise en place de services de santé axés sur la valeur. L'article a posé les bases du concept de « Lab 2.0 », selon lequel la médecine de laboratoire joue un rôle intégral dans les services de santé axés sur la valeur en « combinant les résultats longitudinaux des patients avec les données de la population et les dernières connaissances médicales en vue de faire des rapprochements cliniques ».
Faire des rapprochements grâce aux données
En 2021, la pandémie mondiale de SARS-CoV-2 (COVID-19) a accéléré la mise en œuvre du « Lab 2.0 » en renforçant la dépendance des laboratoires à l'égard des données dans le cadre de la gestion de la santé publique. Aux États-Unis, les organismes de santé publique – des plus grands États aux plus petites collectivités – se sont retrouvés à dépendre d'un réseau de laboratoires pour traiter et fournir les résultats des tests de dépistage de la COVID-19.
Le comté de Los Angeles, le plus grand des États-Unis, compte plus de 10 millions d'habitants et accueille des millions de visiteurs chaque année. Lorsque la véritable ampleur de la pandémie est apparue au grand jour, le département de la Santé publique du comté de Los Angeles (LAC DPH) a pris conscience de l'importance des tests de laboratoire pour suivre la progression du virus SARS-CoV-2 et a pris des mesures pour rendre la collecte des résultats plus efficace.
1,6 million de cellules de données... et ce n'est pas fini
Depuis le 5 octobre 2021, plus de 31,5 millions de résultats de tests de dépistage du SARS-CoV-2, positifs ou négatifs, ont été transmis au LAC DPH via le système ELR (Electronic Lab Reporting). En outre, plus de 900 000 résultats de test ont été transmis sous forme de fichiers plats par des laboratoires qui ne déclaraient pas encore leurs résultats via le système ELR. Au plus fort de la pandémie, le LAC DPH recevait en moyenne 5 400 résultats de test par jour sous forme de fichiers plats, avec des pics pouvant aller jusqu'à 35 000.
En théorie, une structure de reporting spécifique devrait permettre de résoudre les problèmes de qualité des données. Mais en pratique, avec des laboratoires traitant des centaines voire des milliers de résultats chaque jour, et la pénibilité que représente la gestion manuelle des résultats de laboratoire provenant des fichiers plats, même avec les meilleures intentions du monde, la qualité des données en pâtira tôt ou tard.
Considérez ceci : avec une moyenne quotidienne de 5 400 résultats de test transmis au LAC DPH, un taux d'erreur de 5 % donnerait lieu à 270 « non-conformités » chaque jour. En supposant que le suivi et la rectification de chaque résultat « non conforme » prennent 10 minutes, le LAC DPH devrait y consacrer 45 heures de travail, soit plus de 5 ETP par jour.
Comme les données des fichiers plats provenaient de plus de 50 laboratoires différents, le LAC DPH a compris qu'il était impératif de normaliser les informations fournies par les différents établissements. Il a donc communiqué à chaque laboratoire des exigences spécifiques relatives aux fichiers plats, notamment en ce qui concerne la disposition des 32 champs de données et le formatage des informations dans chaque cellule.
Améliorer le cours de la santé publique grâce à l'automatisation de l'analytique
Une fois le format établi pour chaque laboratoire, un workflow Alteryx a été mis en place pour examiner la structure de chaque fichier et déterminer si les colonnes étaient bien dans le bon ordre. Par ailleurs, ce workflow a permis de vérifier que les informations requises étaient bien présentes dans chaque cellule et au bon format. Après vérification des données transmises par les laboratoires, les résultats étaient intégrés dans des analyses supplémentaires afin de suivre la propagation du virus.
Parallèlement, les données non conformes (en raison de problèmes de formatage et/ou de données manquantes ou incomplètes) étaient extraites et les incohérences/erreurs identifiées.
Au lieu que le LAC DPH doive contacter les laboratoires concernés par ces non-conformités, un workflow analytique a été mis en place pour leur envoyer un e-mail généré automatiquement et contenant des informations détaillées. Ce système a permis d'accélérer la rectification du problème et le renvoi des données par les laboratoires.
Outre le temps et les ressources économisés, le LAC DPH a pu obtenir des informations exploitables plus rapidement, ce qui lui a permis de surveiller le pourcentage de cas positifs, d'identifier les zones préoccupantes et de mieux étayer les décisions politiques.